คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) ตรวจสอบและรายงานการกระทำหรือการละเลยการกระทำ อันเป็นการละเมิดสิทธิ มนุษยชน หรือไม่เป็นไปตามพันธกรณีระหว่างประเทศเกี่ยวกับสิทธิมนุษยชนที่ประเทศไทยเป็นภาคี และเสนอมาตรการการแก้ไขที่เหมาะสมต่อบุคคลหรือหน่วยงานที่กระทำหรือละเลยการกระทำดังกล่าว เพื่อดำเนินการ ในกรณีที่ปรากฏว่าไม่มีการดำเนินการตามที่เสนอ ให้รายงานต่อรัฐสภาเพื่อดำเนินการต่อไป
(๒) เสนอเรื่องพร้อมด้วยความเห็นต่อศาลรัฐธรรมนูญ ในกรณีที่เห็นชอบตามที่มีผู้ร้องเรียนว่า บทบัญญัติแห่งกฎหมายใดกระทบต่อสิทธิมนุษยชนและมีปัญหาเกี่ยวกับความชอบด้วยรัฐธรรมนูญ ทั้งนี้ ตามพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยวิธีพิจารณาของศาลรัฐธรรมนูญ
(๓) เสนอเรื่องพร้อมด้วยความเห็นต่อศาลปกครอง ในกรณีที่เห็นชอบตามที่มีผู้ร้องเรียนว่า กฎ คำสั่ง หรือการกระทำอื่นใดในทางปกครองกระทบต่อสิทธิมนุษยชนและมีปัญหาเกี่ยวกับ ความชอบด้วยรัฐธรรมนูญหรือกฎหมาย ทั้งนี้ ตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณา คดีปกครอง
(๔) ฟ้องคดีต่อศาลยุติธรรมแทนผู้เสียหาย เมื่อได้รับการร้องขอจากผู้เสียหายและเป็นกรณีที่ เห็นสมควรเพื่อแก้ไขปัญหาการละเมิดสิทธิมนุษยชนเป็นส่วนรวม ทั้งนี้ ตามที่กฎหมายบัญญัติ
(๕) เสนอแนะนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมาย และกฎ ต่อรัฐสภาหรือ คณะรัฐมนตรีเพื่อส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
(๖) ส่งเสริมการศึกษา การวิจัย และการเผยแพร่ความรู้ด้านสิทธิมนุษยชน
(๗) ส่งเสริมความร่วมมือและการประสานงานระหว่างหน่วยราชการ องค์การเอกชน และ องค์การอื่นในด้านสิทธิมนุษยชน
(๘) จัดทำรายงานประจำปีเพื่อประเมินสถานการณ์ด้านสิทธิมนุษยชนภายในประเทศและ เสนอต่อรัฐสภา
(๙) อำนาจหน้าที่อื่นตามที่กฎหมายบัญญัติ ในการปฏิบัติหน้าที่ คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติต้องคำนึงถึงผลประโยชน์ส่วนรวม ของชาติและประชาชนประกอบด้วย เล่ม ๑๒๔ ตอนที่ ๔๗ ก ราชกิจจานุเบกษา ๒๔ สิงหาคม ๒๕๕๐ คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีอำนาจเรียกเอกสารหรือหลักฐานที่เกี่ยวข้องจากบุคคลใด หรือเรียกบุคคลใดมาให้ถ้อยคำ รวมทั้งมีอำนาจอื่นเพื่อประโยชน์ในการปฏิบัติหน้าที่ ทั้งนี้ ตามที่ กฎหมายบัญญัติ ๓. สภาที่ปรึกษาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ