ข้อ ๑๓ สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) รับผิดชอบงานธุรการและสนับสนุนการดำเนินงานของคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน ตามกฎหมายว่าด้วยโรงเรียนเอกชน
(๒) เสนอแนะนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนพัฒนาการศึกษาเอกชนต่อคณะกรรมการ ส่งเสริมการศึกษาเอกชน
(๓) ส่งเสริม สนับสนุนด้านวิชาการ การประกันคุณภาพ การวิจัยและพัฒนาเพื่อประกันคุณภาพ การศึกษาเอกชน
(๔) รับผิดชอบการดำเนินการเกี่ยวกับกองทุนส่งเสริมโรงเรียนในระบบ (5) ดำเนินการจัดสรรเงินอุดหนุนการศึกษาเอกชนตามมาตรการที่คณะกรรมการส่งเสริม การศึกษาเอกชนกำหนดตามกฎหมายว่าด้วยโรงเรียนเอกชน
(๖) เป็นศูนย์ส่งเสริมสนับสนุนข้อมูลและทะเบียนกลางทางการศึกษาเอกชน ตลอดจนติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการจัดการศึกษาเอกชน
(๗) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่คณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชนหรือที่ปลัดกระทรวงมอบหมาย