ครุยวิทยฐานะของมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ มีดังต่อไปนี้
(๑) ครุยดุษฎีบัณฑิต เป็นเสื้อคลุมแขนยาวทำด้วยผ้าโปร่งสีขาว ผ่าอกตลอดยาวคลุมเข่า มีสำรดรอบขอบ สำรดต้นแขน และสำรดปลายแขน ดังต่อไปนี้ (ก) สำรดรอบขอบ พื้นสำรดทำด้วยผ้าสีประจำคณะหรือสถาบัน กว้าง ๑๑ เซนติเมตร ตอนกลางสำรดเป็นผ้าสีฟ้าน้ำทะเล กว้าง ๓เซนติเมตรขนาบด้วยแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร (ข) สำรดต้นแขน แบ่งเป็นสามตอน ระยะห่างตอนละ ๓ เซนติเมตร แต่ละตอน กว้าง ๕เซนติเมตร พื้นสำรดทำด้วยผ้าสีฟ้าน้ำทะเล มีแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร ที่ริมทั้งสองข้าง (ค) สำรดปลายแขน พื้นสำรดทำด้วยผ้าสีประจำคณะหรือสถาบัน กว้าง ๑๐ เซนติเมตร ตอนกลางสำรดเป็นผ้าสีฟ้าน้ำทะเล กว้าง ๓เซนติเมตร ขนาบด้วยแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร
(๒) ครุยมหาบัณฑิต เช่นเดียวกับครุยดุษฎีบัณฑิต เว้นแต่มีสำรดต้นแขนสองตอน
(๓) ครุยประกาศนียบัตรบัณฑิต เช่นเดียวกับครุยมหาบัณฑิต เว้นแต่มีสำรดต้นแขนหนึ่งตอน กว้าง ๘.๕ เซนติเมตร พื้นสำรดทำด้วยผ้าสีฟ้าน้ำทะเล มีแถบทอง กว้าง ๒เซนติเมตร ที่ริมทั้งสองข้าง
(๔) ครุยแพทยศาสตรบัณฑิตและครุยบัณฑิต (ก) ครุยแพทยศาสตรบัณฑิต เช่นเดียวกับครุยมหาบัณฑิต (ข) ครุยบัณฑิต เช่นเดียวกับครุยมหาบัณฑิต เว้นแต่มีสำรดต้นแขนหนึ่งตอน เล่ม ๑๒๗ ตอนที่ ๕ ก ราชกิจจานุเบกษา ๒๑ มกราคม ๒๕๕๓