ให้มีคณะกรรมการคณะหนึ่ง เรียกว่า “คณะกรรมการนวัตกรรมแห่งชาติ” ประกอบด้วย
(๑) ประธานกรรมการซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งจากผู้มีความรู้ ความเชี่ยวชาญ และประสบการณ์สูง ทางด้านวิทยาศาสตร์ วิศวกรรมศาสตร์ เทคโนโลยี นวัตกรรม หรือวิทยาการอื่น
(๒) กรรมการโดยตำแหน่ง จำนวนสามคน ได้แก่ ปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เลขาธิการคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ และผู้อำนวยการสำนักงบประมาณ
(๓) กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ จำนวนไม่เกินหกคน ซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งจากผู้มีความรู้ ความเชี่ยวชาญ และประสบการณ์สูงเป็นที่ประจักษ์ในด้านการพัฒนานวัตกรรมที่เกี่ยวข้องกับการ บริหารจัดการด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ด้านวิจัยและพัฒนา ด้านการพัฒนาอุตสาหกรรม บนเศรษฐกิจฐานความรู้ ด้านการเงิน หรือด้านอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องและเป็นประโยชน์ต่อกิจการ ของสำนักงาน โดยในจำนวนนี้จะต้องเป็นผู้ทรงคุณวุฒิซึ่งมิใช่ข้าราชการหรือผู้ปฏิบัติงานในหน่วยงาน ของรัฐที่มีตำแหน่งหรือเงินเดือนประจำร่วมอยู่ด้วยจำนวนไม่น้อยกว่าสี่คน ให้ผู้อำนวยการเป็นกรรมการและเลขานุการโดยตำแหน่ง และให้ผู้อำนวยการแต่งตั้ง ผู้ช่วยเลขานุการได้ตามความจำเป็น