กพฉ. มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) กำหนดมาตรฐานและหลักเกณฑ์เกี่ยวกับระบบการแพทย์ฉุกเฉิน
(๒) เสนอแนะหรือให้คำปรึกษาต่อคณะรัฐมนตรีเกี่ยวกับนโยบายด้านการแพทย์ฉุกเฉิน
(๓) เสนอแนะแนวทางการแก้ไขปัญหาหรืออุปสรรคอันเกิดจากการดำเนินงานเกี่ยวกับการแพทย์ ฉุกเฉินต่อคณะรัฐมนตรีเพื่อพิจารณา
(๔) กำหนดนโยบายการบริหารงาน ให้ความเห็นชอบแผนการดำเนินงานและอนุมัติ แผนการเงินของสถาบัน
(๕) ควบคุมดูแลการดำเนินงานและการบริหารงานทั่วไป การจัดตั้งและยกเลิกสำนักงานสาขา ตลอดจนออกข้อบังคับ ระเบียบ หรือประกาศเกี่ยวกับการบริหารงานทั่วไป การบริหารงานบุคคล การงบประมาณ การเงินและทรัพย์สิน การติดตามประเมินผลและการดำเนินการอื่นของสถาบัน
(๖) ออกข้อบังคับเกี่ยวกับการรับรององค์กรและหลักสูตรการศึกษาหรือฝึกอบรม ผู้ปฏิบัติการ และการให้ประกาศนียบัตรหรือเครื่องหมายวิทยฐานะแก่ผู้ผ่านการศึกษาหรือฝึกอบรม เว้นแต่การดังกล่าวจะมีกฎหมายเกี่ยวกับการประกอบวิชาชีพด้านการแพทย์และการสาธารณสุข เป็นการเฉพาะ ก็ให้เป็นไปตามกฎหมายนั้น เล่ม ๑๒๕ ตอนที่ ๔๔ ก ราชกิจจานุเบกษา ๖ มีนาคม ๒๕๕๑
(๗) ออกข้อบังคับเกี่ยวกับการให้เข็มเชิดชูเกียรติเพื่อมอบให้แก่บุคคลผู้สนับสนุนกิจการ ด้านการแพทย์ฉุกเฉิน
(๘) ดำเนินการให้มีระบบสื่อสารและเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อประโยชน์ในการประสานงาน และการปฏิบัติงานด้านการแพทย์ฉุกเฉิน
(๙) ดำเนินการให้มีการประสานความร่วมมือระหว่างหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการเข้าถึง ข้อมูลข่าวสารเพื่อประโยชน์ในการปฏิบัติการฉุกเฉิน
(๑๐) ออกระเบียบเกี่ยวกับการรับเงิน การจ่ายเงิน และการรักษาเงินกองทุน รวมทั้งการจัดหา ผลประโยชน์ตามมาตรา ๓๖
(๑๑) ให้ความเห็นชอบการกำหนดค่าบริการทางการแพทย์ฉุกเฉินและการดำเนินกิจการของสถาบัน
(๑๒) สรรหา แต่งตั้ง ประเมินผลการปฏิบัติงานและถอดถอนเลขาธิการ
(๑๓) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่นหรือตามที่ คณะรัฐมนตรีหรือนายกรัฐมนตรีมอบหมาย