สถาบันเป็นหน่วยงานที่ไม่แสวงหากำไรเป็นหลักและมีวัตถุประสงค์ ดังต่อไปนี้
(๑) ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำร่างนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ความมั่นคงด้านวัคซีนแห่งชาติ เพื่อเสนอต่อคณะกรรมการ
(๒) ส่งเสริม สนับสนุน หรือดำเนินการให้มีการวิจัย การพัฒนา การผลิต และการกระจายวัคซีน ให้มีคุณภาพและมีปริมาณเพียงพอสำหรับที่จะใช้ทั้งในสถานการณ์ปกติและในสถานการณ์ฉุกเฉิน
(๓) บริหารจัดการเพื่อการบูรณาการและขับเคลื่อนการดำเนินการให้สัมฤทธิ์ผลตามนโยบาย และแผนยุทธศาสตร์ความมั่นคงด้านวัคซีนแห่งชาติ
(๔) สร้างเครือข่ายผู้เชี่ยวชาญด้านวัคซีน และประสานงานหรือร่วมมือกับหน่วยงานของรัฐ สถาบันการศึกษา องค์กรระหว่างประเทศ หรือองค์กรเอกชนที่เกี่ยวข้องในการดำเนินการเกี่ยวกับวัคซีน
(๕) เป็นศูนย์กลางการบริหารจัดการข้อมูลและความรู้เชิงบูรณาการ เพื่อประกอบการตัดสินใจ เชิงนโยบาย เศรษฐกิจ และวิชาการเกี่ยวกับวัคซีน เพื่อให้บริการทางวิชาการ พัฒนาข้อมูลและ สร้างองค์ความรู้ เทคโนโลยี และนวัตกรรมด้านวัคซีน
(๖) ส่งเสริม สนับสนุน หรือดำเนินการให้มีการฝึกอบรมเพื่อการพัฒนาบุคลากรด้านวัคซีน ของประเทศ