ภายใต้บังคับมาตรา ๕๓ วรรคสองและวรรคสาม ให้ผู้อำนวยการมีหน้าที่ บริหารกิจการของสำนักงานให้เป็นไปตามกฎหมาย วัตถุประสงค์ของสำนักงาน มติคณะรัฐมนตรี ระเบียบ ข้อบังคับ ประกาศ ข้อกำหนด นโยบาย และมติของคณะกรรมการ และเป็นผู้บังคับบัญชา รองผู้อำนวยการ ผู้อำนวยการหน่วย เจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงานทุกตำแหน่ง รวมทั้งให้มีหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) เสนอนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนของสำนักงานต่อคณะกรรมการ
(๒) เสนอเป้าหมาย แผนงาน โครงการ และงบประมาณประจำปีต่ อคณะกรรมการ เพื่อให้การดำเนินงานของสำนักงานบรรลุวัตถุประสงค์
(๓) บริหารจัดการ กำกับ และติดตามให้หน่วยบริหารจัดการทุนดำเนินงานให้เป็นไปตามนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนของสำนักงาน รวมทั้ งดำเนินการให้เกิดการเชื่ อมโยงการทำงานระหว่าง หน่วยบริหารจัดการทุนเพื่อให้เกิดผลสูงสุดต่อการพัฒนาความสามารถการแข่งขันของภาคการผลิต และบริการ การสร้างรากฐานไปสู่อุตสาหกรรมแห่งอนาคต การพัฒนาพื้นที่ และการยกระดับคุณภาพชีวิต และเศรษฐกิจฐานราก
(๔) เสนอรายงานประจำปีเกี่ยวกับผลการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ของสำนักงาน รวมทั้ง รายงานการเงินต่อคณะกรรมการเพื่อพิจารณา
(๕) เสนอความเห็นเกี่ ยวกับการปรับปรุงกิจการและการดำเนินงานของสำนักงาน ให้มีประสิทธิภาพและเป็นไปตามวัตถุประสงค์ของสำนักงานต่อคณะกรรมการ ผู้อำนวยการต้องรับผิดชอบต่อคณะกรรมการในการบริหารกิจการของสำนักงาน