ให้เลขาธิการภายใต้การควบคุมดูแลของคณะกรรมการ กกม. และ กบส. ต้องดำเนินการตามคำสั่งของคณะกรรมการ กกม. และ กบส. ภายใต้หน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) บริหารงานของสำนักงานให้เกิดผลสัมฤทธิ์ตามภารกิจของสำนักงาน และตามนโยบาย และแผนว่าด้วยการรักษาความมั่นคงปลอดภัยไซเบอร์ แผนปฏิบัติการเพื่อการรักษาความมั่นคง ปลอดภัยไซเบอร์ นโยบายของคณะรัฐมนตรีและคณะกรรมการ และข้อบังคับ นโยบาย มติ และ ประกาศของ กบส.
(๒) วางระเบียบภายใต้นโยบายของคณะกรรมการและ กกม. โดยไม่ขัดหรือแย้งกับกฎหมาย มติของคณะรัฐมนตรี และข้อบังคับ นโยบาย มติ และประกาศที่คณะกรรมการและ กกม. กำหนด
(๓) เป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้างของสำนักงาน และประเมินผลการปฏิบัติงานของ พนักงานและลูกจ้างของสำนักงานตามข้อบังคับของ กบส. และระเบียบของสำนักงาน
(๔) แต่งตั้งรองเลขาธิการหรือผู้ช่วยเลขาธิการโดยความเห็นชอบของคณะกรรมการ เพื่อเป็น ผู้ช่วยปฏิบัติงานของเลขาธิการตามที่เลขาธิการมอบหมาย
(๕) บรรจุ แต่งตั้ง เลื่อน ลด ตัดเงินเดือนหรือค่าจ้าง ลงโทษทางวินัยพนักงานและลูกจ้าง ของสำนักงาน ตลอดจนให้พนักงานและลูกจ้างของสำนักงานออกจากตำแหน่ง ทั้งนี้ ตามข้อบังคับของ กบส. และระเบียบของสำนักงาน
(๖) ปฏิบัติการอื่นใดตามข้อบังคับ นโยบาย มติ หรือประกาศของ กบส.หรือ กกม. ในกิจการของสำนักงานที่เกี่ยวกับบุคคลภายนอก ให้เลขาธิการเป็นผู้แทนของสำนักงาน ภายใต้ขอบเขตที่ได้รับการแต่งตั้งโดยคณะกรรมการ เลขาธิการอาจมอบอำนาจให้บุคคลใดในสังกัดของสำนักงาน ปฏิบัติงานเฉพาะอย่างแทนก็ได้ ทั้งนี้ ตามข้อบังคับที่ กบส. กำหนด ในกรณีที่ไม่มีเลขาธิการหรือเลขาธิการไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ ให้รองเลขาธิการที่มีอาวุโส ตามลำดับรักษาการแทน ถ้าไม่มีรองเลขาธิการหรือรองเลขาธิการไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ ให้คณะกรรมการ แต่งตั้งบุคคลที่เหมาะสมมารักษาการแทน