ให้ กพต. มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(๑) พิจารณาให้ความเห็นชอบยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่ ศอ.บต. เสนอ
(๒) พิจารณาให้ความเห็นชอบแผนงาน โครงการ และการจัดตั้งงบประมาณเพื่อสนับสนุน การพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้
(๓) พิจารณาให้ความเห็นชอบในการกำหนดเขตพัฒนาพิเศษและกรอบแนวทางการบริหาร และการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษที่ ศอ.บต. เสนอ
(๔) พิจารณาเสนอแนะหน่วยงานของรัฐให้จัดทำแผนพัฒนา แผนงาน และโครงการ พร้อมด้วยงบประมาณในเขตจังหวัดชายแดนภาคใต้
(๕) กำกับ เร่งรัด ติดตาม แก้ไขกฎระเบียบ และลดขั้นตอนการปฏิบัติต่างๆ เพื่อให้การ พัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล
(๖) เสนอแนะแนวทางการแก้ไขปัญหาและอุปสรรคในเขตจังหวัดชายแดนภาคใต้ ต่อคณะรัฐมนตรี
(๗) แต่งตั้งคณะอนุกรรมการหรือคณะทำงานเพื่อช่วยเหลือหรือปฏิบัติงานได้ตามความเหมาะสม
(๘) ปฏิบัติการอื่นตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของ กพต. หรือตามที่ คณะรัฐมนตรีหรือนายกรัฐมนตรีมอบหมาย การประชุมของ กพต. คณะอนุกรรมการ และคณะทำงาน ให้เป็นไปตามระเบียบที่ กพต. กำหนด