ให้ ศอ.บต. มีอำนาจหน้าที่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ดังต่อไปนี้ เล่ม ๑๒๗ ตอนที่ ๘๐ ก ราชกิจจานุเบกษา ๒๙ ธันวาคม ๒๕๕๓
(๑) จัดทำยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้สอดคล้องกับนโยบายการ บริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้สภาที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัด ชายแดนภาคใต้พิจารณาให้ความเห็นก่อนเสนอ กพต. ให้ความเห็นชอบ
(๒) จัดทำแผนปฏิบัติการที่จะดำเนินการในจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้เป็นไปตามยุทธศาสตร์ ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้
(๓) เสนอแนะและบูรณาการ แผนงาน และโครงการในด้านการพัฒนาของกระทรวง ทบวง กรม และหน่วยงานอื่นของรัฐ ที่ดำเนินการในจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้เป็นไปตามแผนปฏิบัติการตาม (๒)
(๔) ดำเนินการตามแผนงานและโครงการต่อเนื่องจากแผนงานและโครงการที่หน่วยงาน ของรัฐไม่อาจดำเนินการต่อไปได้ ซึ่งหากไม่ดำเนินการจะส่งผลเสียต่อการแก้ไขปัญหาตามยุทธศาสตร์ ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้
(๕) กำกับ เร่งรัด และติดตามการปฏิบัติของหน่วยงานของรัฐฝ่ายพลเรือนให้เป็นไปตาม แผนปฏิบัติการตาม (๒)
(๖) คุ้มครองสิทธิเสรีภาพและอำนวยความเป็นธรรมแก่ประชาชน โดยการรับเรื่องราวร้องทุกข์ ให้ความช่วยเหลือ และประสานการปฏิบัติกับหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งตรวจสอบและแก้ไข ปัญหาพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมของเจ้าหน้าที่ของรัฐ
(๗) ให้ความช่วยเหลือเยียวยาผู้ได้รับความเสียหายและผู้ที่ได้รับผลกระทบจากการกระทำ ของเจ้าหน้าที่ของรัฐอันสืบเนื่องมาจากเหตุการณ์ความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ตามระเบียบที่ กพต. กำหนด ทั้งนี้ ไม่ตัดสิทธิประโยชน์ที่ผู้นั้นได้รับตามกฎหมายอื่น
(๘) เสนอแนะมาตรการสร้างขวัญและกำลังใจสำหรับเจ้าหน้าที่ของรัฐในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ต่อคณะรัฐมนตรี
(๙) เสนอแนะหรือแนะนำต่อหน่วยงานของรัฐเกี่ยวกับลักษณะอันพึงประสงค์ของเจ้าหน้าที่ ของรัฐซึ่งจะสั่งให้ไปปฏิบัติหน้าที่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ รวมทั้งดำเนินการให้มีการพัฒนาเจ้าหน้าที่ ของรัฐฝ่ายพลเรือนซึ่งปฏิบัติหน้าที่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ และบูรณาการการปฏิบัติหน้าที่ของ หน่วยงานของรัฐฝ่ายพลเรือนเพื่อให้ปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพและสอดคล้องกับสภาพทางสังคม เศรษฐกิจ และวิถีชีวิตของประชาชน เล่ม ๑๒๗ ตอนที่ ๘๐ ก ราชกิจจานุเบกษา ๒๙ ธันวาคม ๒๕๕๓
(๑๐) ส่งเสริมการมีส่วนร่วมของประชาชนทุกภาคส่วนในการแก้ไขปัญหาในจังหวัดชายแดน ภาคใต้
(๑๑) ส่งเสริม สนับสนุน อำนวยความสะดวกและแก้ไขปัญหาแก่คนไทยในจังหวัดชายแดน ภาคใต้ที่เดินทางไปประกอบพิธีฮัจญ์ ณราชอาณาจักรซาอุดีอาระเบีย
(๑๒) ส่งเสริมและสนับสนุนการจัดการการศึกษาในจังหวัดชายแดนภาคใต้
(๑๓) ประชาสัมพันธ์นโยบาย และการดำเนินงานของ ศอ.บต. และรัฐบาล รวมทั้งเผยแพร่ ศิลปวัฒนธรรม จารีตประเพณี ภูมิปัญญาท้องถิ่น เพื่อสร้างความเข้าใจอันดีแก่คนไทยทั้งในและ ต่างประเทศ
(๑๔) ร่วมมือกับส่วนราชการที่เกี่ยวข้องในการเสริมสร้างความสัมพันธ์ ความเข้าใจอันดีและ ประสานงานในโครงการ ความร่วมมือ ความช่วยเหลือ และการแก้ไขปัญหาในพื้นที่จังหวัดชายแดน ภาคใต้กับต่างประเทศ ทั้งนี้ ภายใต้กรอบนโยบายของรัฐบาลหรือมติคณะรัฐมนตรี รวมทั้งแนวทาง หรือนโยบายที่กระทรวงการต่างประเทศได้กำหนดไว้
(๑๕) ส่งเสริมแนวคิดด้านพหุวัฒนธรรมในฐานะที่เป็นส่วนสำคัญของวัฒนธรรมแห่งชาติ รวมถึงการลดการผูกขาดทางวัฒนธรรมหรือการขจัดการเลือกปฏิบัติทางวัฒนธรรมโดยไม่เป็นธรรม ต่อบุคคล ทั้งนี้ เท่าที่ไม่ขัดต่อบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญและกฎหมาย
(๑๖) ปฏิบัติการอื่นตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของ ศอ.บต. หรือตามที่ คณะรัฐมนตรีหรือนายกรัฐมนตรีมอบหมาย ในการดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ตามวรรคหนึ่ง ศอ.บต. อาจวางระเบียบเพื่อเป็นแนวทาง การปฏิบัติงานร่วมกันระหว่าง ศอ.บต. กับหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องได้ ยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ตาม
(๑) ให้ใช้ได้เป็นเวลาสามปี แผนปฏิบัติการตาม
(๒) เมื่อคณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบแล้ว ให้หน่วยงานของรัฐที่ เกี่ยวข้องจัดทำแผนงานและโครงการ และให้สำนักงบประมาณจัดสรรงบประมาณให้เป็นไปตาม แผนปฏิบัติการนั้น ในการจัดทำแผนปฏิบัติการตาม
(๒) ให้ ศอ.บต. หารือกับหัวหน้าหน่วยงานที่กำกับดูแล ยุทธศาสตร์ด้านความมั่นคงด้วย เพื่อให้แผนปฏิบัติการดังกล่าวสอดคล้องกับแผนปฏิบัติการด้านความ มั่นคงตามกฎหมายว่าด้วยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร เล่ม ๑๒๗ ตอนที่ ๘๐ ก ราชกิจจานุเบกษา ๒๙ ธันวาคม ๒๕๕๓