ข้อ ๒ ศบปพ. มีโครงสร้างการปฏิบัติการดังนี้
(๑) ให้มีคณะกรรมการศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการบินพลเรือน ประกอบด้วยบุคคลที่ ผบ.ศบปพ. แต่งตั้ง ทำหน้าที่กำหนดนโยบายและแนวทางปฏิบัติในระดับรัฐบาล
(๒) ให้กองทัพอากาศและกรมการบินพลเรือนเป็นหน่วยงานหลักของ ศบปพ. ในการดำเนินการ แก้ไขปัญหาการบินพลเรือน
(๓) ให้ ผบ.ศบปพ. มีอำนาจแต่งตั้งข้าราชการสังกัดกองทัพอากาศไปช่วยปฏิบัติงาน หรือไปช่วยทำการใด ๆ ที่กรมการบินพลเรือน หรือหน่วยงานอื่นได้ไม่เกินสี่ปี และยังคงปฏิบัติหน้าที่ ในตำแหน่งและอัตราในสังกัดเดิม สำหรับค่าตอบแทนรายเดือน หรือค่าตอบแทนอื่นๆ ให้เป็นไปตามระเบียบ คำสั่ง หรือแบบธรรมเนียมที่ทางราชการกำหนด ในการนี้ มิให้นำความในมาตรา ๗
(๒) แห่งพระราชกฤษฎีกา กำหนดหลักเกณฑ์การสั่งให้ข้าราชการไปทำการซึ่งให้นับเวลาระหว่างนั้นเหมือนเต็มเวลาราชการ พ.ศ. ๒๕๕๐ มาใช้บังคับ เล่ม ๑๓๒ ตอนพิเศษ ๒๑๕ ง ราชกิจจานุเบกษา ๑๑ กันยายน ๒๕๕๘