ตราสัญลักษณ์ตามมาตรา ๓มีความหมายดังต่อไปนี้
(๑) วงรีรูปหยดน้ำ สื่อความหมายถึง หยดน้ำหนึ่งหยดที่หลอมรวมกันเป็นแม่น้ำแห่งการศึกษา เปรียบประดุจการรวมสถานศึกษามาเป็นมหาวิทยาลัยนครพนม โดยสีน้ำตาลเป็นสีประจำจังหวัด และ สีเหลืองทองเป็นสีประจำมหาวิทยาลัย
(๒) องค์พระธาตุพนมอยู่บนดอกบัว สื่อความหมายถึง การเคารพสักการะองค์พระธาตุพนม อันเป็นสัญลักษณ์ประจำจังหวัดนครพนม และเป็นตัวแทนของคุณธรรมที่หลอมรวมใจของบุคคลทุกหมู่เหล่า เข้าไว้ด้วยกัน
(๓) ซุ้มประตูสี่ทิศ สื่อความหมายถึง ประตูแห่งการศึกษาทั้งสี่ทิศที่เปิดโอกาสให้บุคคลเข้า มาแสวงหาองค์ความรู้
(๔) คลื่นน้ำสีฟ้าจำนวนสามเส้น สื่อความหมายถึง แม่น้ำโขงซึ่งเป็นแม่น้ำนานาชาติที่ไหล อย่างต่อเนื่อง เปรียบประดุจการเปิดโอกาสทางการศึกษาให้แก่บุคคลทุกชนชาติ
(๕) ลายดอกบัวเจ็ดดอก สื่อความหมายถึง ลายประจำพระธาตุพนมซึ่งเป็นสัญลักษณ์แห่งคุณธรรม และจำนวนเจ็ดดอกนั้นเทียบเท่ากับสถานศึกษาทั้งเจ็ดแห่งที่หลอมรวมเป็นมหาวิทยาลัยนครพนม
(๖) รวงข้าวสีเหลืองทอง สื่อความหมายถึง ความเจริญเติบโตและการรวมกลุ่มกันเพื่อให้เกิด ความสามัคคี เพื่อเป้าหมายแห่งความสำเร็จในการปฏิบัติงานในนามมหาวิทยาลัยนครพนม
(๗) ฐานสิงห์ สื่อความหมายถึง ความมั่นคงและยั่งยืนของมหาวิทยาลัยนครพนม