ให้สำนักงานมีวัตถุประสงค์ ดังต่อไปนี้
(๑) ส่งเสริม สนับสนุน และดำเนินการพัฒนานวัตกรรมของประเทศซึ่งรวมถึงการพัฒนา โครงการนวัตกรรมในระยะหลังการวิจัยและพัฒนา หรือการต่อยอดจากงานวิจัยและสิ่งประดิษฐ์สู่เชิง พาณิชย์
(๒) สำรวจ ศึกษา วิเคราะห์ และประเมินทางวิชาการ รวมทั้งความต้องการพัฒนานวัตกรรม ในด้านต่าง ๆ เพื่อเสนอแนะนโยบายและมาตรการเกี่ยวกับการพัฒนานวัตกรรมของประเทศต่อ คณะรัฐมนตรี
(๓) ส่งเสริมและสนับสนุนการยกระดับความสามารถด้านนวัตกรรมของเครือข่ายวิสาหกิจ ในสาขาอุตสาหกรรมยุทธศาสตร์ อันก่อให้เกิดระบบนวัตกรรมแห่งชาติท่ีเข้มแข็ง
(๔) ส่งเสริมและสนับสนุนการยกระดับทักษะความสามารถด้านเทคโนโลยีและการบริหาร จัดการด้านนวัตกรรม
(๕) ส่งเสริมและสนับสนุนเพื่อสร้างความตื่นตัวด้านนวัตกรรมและเทคโนโลยีอันก่อให้เกิด วัฒนธรรมนวัตกรรม ทั้งในระดับผู้ประกอบการอุตสาหกรรม ระดับองค์กรและระดับประชาชน