เลขาธิการมีหน้าที่ควบคุมดูแลงานโดยทั่วไปของสำนักงานให้เป็นไป ตามกฎหมาย ระเบียบ ประกาศ และมติของผู้ตรวจการแผ่นดิน และให้มีอำนาจดังนี้
(๑) บรรจุ แต่งตั้ง ถอดถอน เลื่อน ลดเงินเดือนหรือค่าจ้าง ลงโทษทางวินัย พนักงานหรือ ลูกจ้างของสำนักงาน ตลอดจนให้พนักงานหรือลูกจ้างของสำนักงานออกจากตำแหน่ง
(๒) วางระเบียบเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของพนักงานหรือลูกจ้างในสำนักงาน และข้าราชการ พนักงาน หรือลูกจ้างซึ่งมาปฏิบัติงานเป็นพนักงานในสำนักงาน
(๓) วางระเบียบเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของสำนักงาน