ให้มีคณะกรรมการบริหารกองทุนเพื่อความเสมอภาคทางการศึกษา ประกอบด้วย
(๑) ผู้ทรงคุณวุฒิซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้ง เป็นประธานกรรมการ
(๒) กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ จำนวนหนึ่งคน ซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งตามคำแนะนำของ คณะกรรมการร่วมสภาหอการค้าแห่งประเทศไทย สภาอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย และสมาคมธนาคารไทย
(๓) กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ จำนวนหกคน ซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งจากภาควิชาการ ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม ภาคละสองคน ซึ่งอย่างน้อยต้องมีผู้ทรงคุณวุฒิด้านกฎหมายหนึ่งคน
(๔) กรรมการโดยตำแหน่ง จำนวนแปดคน ได้แก่ ผู้แทนกระทรวงศึกษาธิการ จำนวนสองคน ผู้แทนกระทรวงสาธารณสุข ผู้แทนสำนักงบประมาณ ผู้แทนกรมกิจการเด็กและเยาวชน ผู้แทนกรมบัญชีกลาง ผู้แทนกรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น และผู้แทนกรมส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการ ให้ผู้จัดการเป็นกรรมการและเลขานุการ และให้ผู้จัดการแต่งตั้งพนักงานจำนวนไม่เกินสองคน เป็นผู้ช่วยเลขานุการ