การจัดระเบียบข้าราชการพลเรือนกลาโหมตามพระราชกฤษฎีกานี้ ให้คำนึงถึง ระบบคุณธรรมดังต่อไปนี้
(๑) การรับบุคคลเพื่อบรรจุเข้ารับราชการและแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งต้องคำนึงถึงความรู้ ความสามารถของบุคคล ความเสมอภาค ความเป็นธรรม และประโยชน์ของทางราชการ
(๒) การบริหารทรัพยากรบุคคลต้องคำนึงถึงผลสัมฤทธิ์และประสิทธิภาพขององค์กร และลักษณะของงาน โดยไม่เลือกปฏิบัติอย่างไม่เป็นธรรม
(๓) การพิจารณาความดีความชอบ การเลื่อนตำแหน่ง และการให้ประโยชน์อื่นแก่ข้าราชการ ต้องเป็นไปอย่างเป็นธรรมโดยพิจารณาจากผลงาน ศักยภาพ และความประพฤติและจะนำความคิดเห็น ทางการเมืองหรือสังกัดพรรคการเมืองมาประกอบการพิจารณามิได้
(๔) การดำเนินการทางวินัยต้องเป็นไปด้วยความยุติธรรมและโดยปราศจากอคติ
(๕) การบริหารทรัพยากรบุคคลต้องมีความเป็นกลางทางการเมือง