ข้อ ๙ กองจัดการคุณภาพน้า มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) เสนอความเห็นเพื่อจัดทำนโยบายและแผนการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม แห่งชาติในส่วนที่เกี่ยวข้องกับการจัดการมลพิษทางน้า
(๒) จัดทำแผนจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมด้านการจัดการมลพิษ ประสานการจัดทำ แผนปฏิบัติการเพื่อลดและขจัดมลพิษด้านมลพิษทางน้า
(๓) ประสานการปฏิบัติการเพื่อให้เกิดการแก้ไขหรือฟื้นฟูแหล่งน้าที่ได้รับผลกระทบ จากมลพิษทางน้า และประเมินความเสียหายต่อคุณภาพน้า
(๔) เสนอแนะ มาตรฐาน มาตรการ หลักเกณฑ์และวิธีการควบคุมมลพิษทางน้า
(๕) ติดตาม ตรวจสอบคุณภาพน้า และจัดทำรายงานสถานการณ์ด้านมลพิษทางน้า
(๖) พัฒนาระบบ รูปแบบ หลักเกณฑ์ปฏิบัติ และวิธีการที่เหมาะสมในการลดมลพิษทางน้า
(๗) เสนอแนะ ร่วมมือ และดำเนินมาตรการระหว่างประเทศด้านการจัดการคุณภาพน้า
(๘) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่อธิบดี มอบหมาย