เลขาธิการมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) บริหารกิจการของสถาบันให้เป็นไปตามกฎหมาย ข้อบังคับ ระเบียบ ประกาศ มติ หรือนโยบายของ กพฉ.
(๒) จัดทำแผนการดำเนินงานและแผนการเงินของสถาบันเสนอ กพฉ. เพื่ออนุมัติ
(๓) ดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารงานบุคคล การเงิน การงบประมาณและการบริหารด้านอื่น ของสถาบัน ตามข้อบังคับ ระเบียบ หรือประกาศที่ กพฉ. กำหนด
(๔) วางระเบียบเกี่ยวกับการดำเนินงานของสถาบันเท่าที่ไม่ขัดหรือแย้งกับกฎหมาย ข้อบังคับ ระเบียบ ประกาศ มติ หรือนโยบายของ กพฉ.
(๕) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่ กพฉ. มอบหมาย