ในการปฏิบัติภารกิจตามมาตรา ๒๗ เมื่อปรากฏว่ามีการกระทำหรือมีเหตุ อันควรสงสัยว่ายานพาหนะ หรือบุคคลในยานพาหนะนั้น ได้กระทำความผิดตามกฎหมายของประเทศไทย ในเขตทางทะเลเกี่ยวกับผลประโยชน์ของชาติทางทะเลหรือกิจกรรมทางทะเลใด ๆ ไม่ว่าจะมีการกระทำ ความผิดอื่นด้วยหรือไม่ ให้พนักงานเจ้าหน้าที่มีอำนาจสืบสวนและสอบสวน และในกรณีที่พนักงาน เจ้าหน้าที่ทำการสอบสวน ให้พนักงานเจ้าหน้าที่มีหน้าที่และอำนาจเช่นเดียวกับพนักงานสอบสวน ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา โดยให้พนักงานเจ้าหน้าที่ในเขตทางทะเลที่เกี่ยวข้องดังกล่าว เป็นพนักงานสอบสวน ส่วนการกำหนดพื้นที่ในการสอบสวนและการกำหนดให้เป็นพนักงานสอบสวน ผู้รับผิดชอบ ให้เป็นไปตามที่ผู้อำนวยการประกาศกำหนดในราชกิจจานุเบกษา รวมทั้งให้มีอำนาจ กระทำการเท่าที่จำเป็น ดังต่อไปนี้
(๑) สั่งให้ยานพาหนะหยุด และใช้มาตรการบังคับเท่าที่จำเป็นเพื่อให้ยานพาหนะนั้นหยุด รวมทั้งสั่งและบังคับให้ผู้ควบคุมยานพาหนะและคนประจำยานพาหนะนำยานพาหนะไปยังที่ใดที่หนึ่ง
(๒) สั่งให้บุคคลหรือยานพาหนะซึ่งขัดขวาง กีดขวาง หรือเป็นอุปสรรคต่อการปฏิบัติภารกิจ ออกจากพื้นที่ที่กำหนด เลม่ ๑๓๖ ตอนที่ ๓๐ ก หนา้ ๑๔ ราชกิจจานุเบกษา ๑๒ มีนาคม ๒๕๖๒
(๓) ขึ้นไปบนยานพาหนะนั้น เพื่อตรวจสอบเอกสารเกี่ยวกับยานพาหนะ และเอกสารคนประจำ ยานพาหนะนั้น
(๔) ค้นยานพาหนะ และคนประจำยานพาหนะที่ต้องสงสัยนั้น ให้รื้อหรือขนสิ่งของใน ยานพาหนะใดๆเพื่อการค้น โดยไม่ต้องมีหมายค้น
(๕) ควบคุมผู้ต้องสงสัย ตลอดจนควบคุมยานพาหนะ และสิ่งของที่จะใช้หรือได้ใช้ใน การกระทำความผิด หรือได้มาจากการกระทำความผิด ถ้าการตรวจค้นยานพาหนะหรือการสืบสวน มีเหตุอันควรสงสัยว่าจะมีหรือได้มีการกระทำความผิด ห้ามมิให้ควบคุมยานพาหนะ ผู้ควบคุมยานพาหนะ หรือบุคคลในยานพาหนะไว้เกินความจำเป็นตามพฤติการณ์แห่งคดี
(๖) ให้พ่วงยานพาหนะ หรือให้ทำการอื่นเพื่อให้ยานพาหนะนั้นไปยังที่ซึ่งสะดวกแก่การตรวจค้น การสอบสวน หรือการดำเนินคดี
(๗) ไล่ตามยานพาหนะใดๆที่กระทำหรือมีเหตุอันควรสงสัยว่ามีการกระทำความผิดตามกฎหมาย ที่ประเทศไทยมีเขตอำนาจ รวมทั้งไล่ตามจับกุมผู้ต้องสงสัยที่หนีขึ้นฝั่งได้ตามความจำเป็น
(๘) สอบสวนและควบคุมตัวผู้ต้องหาว่ากระทำความผิดไว้ได้ไม่เกินสี่สิบแปดชั่วโมงนับแต่นำตัว ผู้ต้องหามาถึงฝั่ง ณ ที่ทำการของพนักงานเจ้าหน้าที่ และมิให้นับเวลาเดินทางตามปกติที่นำตัวผู้ต้องหา มาถึงที่ทำการของพนักงานเจ้าหน้าที่เป็นเวลาควบคุมผู้ต้องหาของพนักงานสอบสวนตามประมวลกฎหมาย วิธีพิจารณาความอาญา ทั้งนี้ เมื่อการสอบสวนเสร็จแล้ว ให้ทำความเห็นว่าควรสั่งฟ้องหรือไม่ฟ้อง ส่งไปยังพนักงานอัยการพร้อมสำนวนตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา ในกรณีที่ไม่แน่ชัดว่า ควรส่งสำนวนไปยังพนักงานอัยการพื้นที่ใด ให้ส่งไปยังพนักงานอัยการตามที่อัยการสูงสุดกำหนด การสอบสวนหรือการสอบสวนร่วมกันตามพระราชบัญญัตินี้ ในกรณีที่มีคำสั่งไม่ฟ้องและคำสั่งนั้น ไม่ใช่คำสั่งของอัยการสูงสุด ให้รีบส่งสำนวนการสอบสวนพร้อมคำสั่งเสนอผู้อำนวยการหรือรองผู้อำนวยการ ในกรณีที่ผู้อำนวยการหรือรองผู้อำนวยการแย้งคำสั่งของพนักงานอัยการ ให้ส่งสำนวนพร้อมกับความเห็น ที่แย้งไปยังอัยการสูงสุดเพื่อชี้ขาด แต่ถ้าคดีจะขาดอายุความ หรือมีเหตุอย่างอื่นอันจำเป็นจะต้องรีบฟ้อง ก็ให้ฟ้องคดีนั้นตามความเห็นของผู้อำนวยการหรือรองผู้อำนวยการไปก่อน แต่ทั้งนี้ มิได้ตัดอำนาจ พนักงานอัยการที่จะจัดการอย่างใดแก่ผู้ต้องหาดังบัญญัติไว้ในมาตรา ๑๔๓ แห่งประมวลกฎหมาย วิธีพิจารณาความอาญา ให้นำความในวรรคสองมาใช้บังคับในการที่พนักงานอัยการจะอุทธรณ์ ฎีกา หรือถอนฟ้อง ถอนอุทธรณ์ และถอนฎีกาโดยอนุโลม เลม่ ๑๓๖ ตอนที่ ๓๐ ก หนา้ ๑๕ ราชกิจจานุเบกษา ๑๒ มีนาคม ๒๕๖๒ ในกรณีที่มีเหตุอันควรสงสัยว่า ยานพาหนะ หรือบุคคลในยานพาหนะใดได้กระทำการ โดยไม่ชอบด้วยกฎหมายระหว่างประเทศในเขตทางทะเลภายนอกราชอาณาจักร เช่น การออกอากาศ โดยส่งวิทยุกระจายเสียง วิทยุโทรทัศน์ หรือโทรคมนาคมโดยไม่ได้รับอนุญาต ยานพาหนะนั้นปราศจาก สัญชาติ หรือเรือที่ชักธงของรัฐสองรัฐขึ้นไปตามความสะดวก หรือเปลี่ยนธงในระหว่างการเดินเรือ ที่อาจถูกถือเสมือนเป็นเรือไร้สัญชาติ หรือแม้ว่าเป็นเรือที่ชักธงต่างชาติ หรือไม่ยอมแสดงธงของตน แต่เรือนั้นตามความเป็นจริงเป็นเรือไทย ให้พนักงานเจ้าหน้าที่มีอำนาจสั่งให้ยานพาหนะหยุด หรือ ใช้มาตรการบังคับเท่าที่จำเป็นเพื่อให้ยานพาหนะนั้นหยุดและขึ้นไปบนยานพาหนะนั้นเพื่อตรวจสอบ เอกสาร รวมทั้งตรวจสอบสิ่งอื่นใดบนยานพาหนะนั้นเท่าที่จำเป็นเพื่อหาพยานหลักฐาน หากปรากฏ พยานหลักฐาน ให้พนักงานเจ้าหน้าที่มีอำนาจสั่งให้หยุดกระทำการหรือสั่งห้ามเข้ามาในราชอาณาจักร แล้วแต่กรณี ในกรณีที่ปรากฏพยานหลักฐานว่าเป็นเรือไทย ให้พนักงานเจ้าหน้าที่มีอำนาจตามวรรคหนึ่ง