ในวาระเริ่มแรก ให้น้าแผนยุทธศาสตร์การบริหารจัดการทรัพยากรน้า (ปี พ.ศ. ๒๕๕๘ - ๒๕๖๙) ที่คณะรัฐมนตรีมีมติให้ความเห็นชอบเมื่อวันที่ ๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๕๘ มาใช้ในการบริหารทรัพยากรน้าตามพระราชบัญญัตินีไปพลางก่อนจนกว่าจะได้มีการจัดท้านโยบาย และแผนแม่บทเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรน้าตามมาตรา ๑๗
(๑) หรือแผนแม่บทการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบ้ารุงรักษา การฟื้นฟู และการอนุรักษ์ทรัพยากรน้าในเขตลุ่มน้าตามมาตรา ๓๕
(๑) หรือแผนป้องกันและแก้ไขภาวะน้าแล้ง และแผนป้องกันและแก้ไขภาวะน้าท่วมตามมาตรา ๓๕
(๒) ขึนใช้บังคับ