ข้อ ๑๖ กองเศรษฐกิจสุขภาพและหลักประกันสุขภาพ มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) จัดทำและเสนอแนะนโยบาย ยุทธศาสตร์ ระบบประกันสุขภาพ ระบบการเงินการคลังสุขภาพ และระบบเศรษฐกิจสุขภาพของประเทศ ที่มีประสิทธิภาพ เพียงพอ ยั่งยืน และเป็นธรรม
(๒) พัฒนาระบบประกันสุขภาพและสิทธิประโยชน์ด้านสุขภาพที่จำเป็นและคุ้มค่าให้ครอบคลุม คนไทยและบุคคลต่างๆ ที่อยู่ในราชอาณาจักรไทย
(๓) พัฒนากลไกการขับเคลื่อน กำกับ ติดตาม และการดำเนินการตามนโยบาย ยุทธศาสตร์ ระบบประกันสุขภาพ ระบบการเงินการคลังสุขภาพ และระบบเศรษฐกิจสุขภาพของประเทศ
(๔) บริหารจัดการการประกันสุขภาพคนต่างด้าว แรงงานต่างด้าว และบุคคลที่มีปัญหา สถานะและสิทธิ ตลอดจนสิทธิตามหลักประกันสุขภาพอื่นๆ
(๕) พัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศด้านการเงินการคลังสุขภาพของประเทศ
(๖) พัฒนาระบบข้อมูลและบริหารจัดการการเงินการคลังของหน่วยบริการให้มีประสิทธิภาพ
(๗) พัฒนาภาคีเครือข่ายด้านการเงินการคลังและเศรษฐกิจในระบบประกันสุขภาพของประเทศ
(๘) ปฏิบัติ งานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติ งานของหน่วยงานอื่ นที่เกี่ ยวข้องหรือ ที่ปลัดกระทรวงมอบหมาย