ข้อ ๑๘ กองสาธารณสุขฉุกเฉิน มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) จัดทำและเสนอแนะนโยบายและยุทธศาสตร์การป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย ด้านการแพทย์และการสาธารณสุขระดับชาติ
(๒) เป็นหน่วยงานหลักในการประสานและขับเคลื่อนยุทธศาสตร์การป้องกันและบรรเทา สาธารณภัยด้านการแพทย์และการสาธารณสุขระดับชาติตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันและบรรเทา สาธารณภัยในทุกระดับ ตลอดจนเป็นศูนย์ประสานงานกลางของหน่วยงานทั้งส่วนกลาง ส่วนภูมิภาค ส่วนท้องถิ่น และภาคีเครือข่ายที่เกี่ยวข้อง
(๓) เป็นหน่วยงานหลักด้านการแพทย์และการสาธารณสุข รับผิดชอบในการตอบสนองต่อ ภาวะฉุกเฉินด้านการแพทย์และการสาธารณสุข และจัดให้มีระบบบัญชาการเหตุการณ์ด้านการแพทย์ และการสาธารณสุข รวมทั้งจัดให้มีศูนย์ปฏิบัติการภาวะฉุกเฉินด้านการแพทย์และการสาธารณสุข ในระดับต่างๆ
(๔) สนับสนุนและพัฒนาระบบบริหารจัดการทรัพยากรในการจัดการภาวะฉุกเฉินและ สาธารณภัยทั้งระยะก่อนเกิดภัย ระหว่างเกิดภัย และหลังเกิดภัย
(๕) พัฒนาและบริหารจัดการระบบสื่ อสารสั่ งการและเป็นศูนย์ประสานการเชื่ อมโยง ของหน่วยงานสาธารณสุขทั้งส่วนกลาง ส่วนภูมิ ภาค ส่วนท้องถิ่น และภาคีเครือข่ายที่เกี่ยวข้อง ในการช่วยเหลือประชาชนที่ได้รับผลกระทบจากภาวะฉุกเฉินและสาธารณภัย
(๖) สนับสนุนและพัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศ องค์ความรู้ และนวัตกรรมด้านบริหารจัดการ บริการ และวิชาการ
(๗) ปฏิบัติ งานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติ งานของหน่วยงานอื่ นที่เกี่ ยวข้องหรือ ที่ปลัดกระทรวงมอบหมาย