ข้อ ๒ ศปมผ. มีโครงสร้างการปฏิบัติการดังต่อไปนี้
(๑) ให้คณะกรรมการนโยบายแก้ไขปัญหาการค้ามนุษย์และการทำประมงผิดกฎหมาย ซึ่งจัดตั้งขึ้นตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ ๕๒/๒๕๕๘ ลงวันที่ ๑๗ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๕๕๘ ทำหน้าที่กำหนดนโยบายและแนวทางปฏิบัติในระดับรัฐบาล เล่ม ๑๓๒ ตอนพิเศษ ๙๙ ง ราชกิจจานุเบกษา ๒๙ เมษายน ๒๕๕๘
(๒) ให้กองทัพเรือ และศูนย์ประสานการปฏิบัติในการรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล (ศรชล.) ซึ่งจัดตั้งโดยมติสภาความมั่นคงแห่งชาติ เมื่อวันที่ ๑๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐ และมติ คณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๑๗ เมษายน พ.ศ. ๒๕๔๐ และวันที่ ๙ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๑ ทำหน้าที่ เป็นหน่วยงานหลักของ ศปมผ. ในการปฏิบัติการทางทะเลและชายฝั่ง และปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้อง
(๓) ให้มีศูนย์ควบคุมการแจ้งเรือเข้า - ออก (Port In - Port Out Controlling Center) และศูนย์ให้บริการและอำนวยความสะดวกแก่เรือประมงแบบเบ็ดเสร็จ (Fishing One Stop Service) ประจำในแต่ละจังหวัดชายทะเล ทั้งนี้ ตามที่ ศปมผ. ประกาศกำหนด