ข้อ ๓ ให้ ศปมผ. มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(๑) กำหนดแนวทางของไทยและจัดทำแผนปฏิบัติการแห่งชาติในการแก้ปัญหาการทำ การประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม (Thailand’s National Plan of Action to Prevent, Deter and Eliminate IUU Fishing, NPOA- IUU) ตลอดจนกำกับดูแลการปฏิบัติ ให้เป็นไปตามแผนนั้น รวมถึงดำเนินงานทำความเข้าใจกับสหภาพยุโรป
(๒) ควบคุม สั่งการ กำกับดูแล และประสานการปฏิบัติการทั้งปวงของกระทรวงเกษตร และสหกรณ์ กระทรวงคมนาคม กระทรวงมหาดไทย กระทรวงแรงงาน สำนักงานตำรวจแห่งชาติ และส่วนราชการอื่นที่เกี่ยวข้องกับการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม
(๓) พิจารณาเสนอแนะ ปรับปรุง แก้ไขเพิ่มเติม รวมทั้งพัฒนากฎหมาย กฎ ระเบียบ ที่เกี่ยวข้องกับการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมายให้เป็นมาตรฐานสากล โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การป้องกันการทำการประมงผิดกฎหมายและบทลงโทษที่เหมาะสม
(๔) กำหนดโครงสร้างและอัตรากำลังของ ศปมผ. โดยในโครงสร้างนี้ต้องกำหนดให้มี ศูนย์ควบคุมการแจ้งเรือเข้า - ออก รวมถึงศูนย์ให้บริการและอำนวยความสะดวกแก่เรือประมง แบบเบ็ดเสร็จประจำในแต่ละจังหวัดชายทะเล
(๕) แต่งตั้งเจ้าหน้าที่ที่จะปฏิบัติงานใน ศปมผ. จากข้าราชการหรือผู้ปฏิบัติงาน ในส่วนราชการต่าง ๆ ได้ตามความเหมาะสม เล่ม ๑๓๒ ตอนพิเศษ ๙๙ ง ราชกิจจานุเบกษา ๒๙ เมษายน ๒๕๕๘
(๖) แต่งตั้งคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการ และคณะทำงาน เพื่อดูแลรับผิดชอบเรื่องใดเรื่องหนึ่ง โดยเฉพาะได้ตามความเหมาะสม
(๗) เชิญผู้ทรงคุณวุฒิ ข้าราชการ เจ้าหน้าที่หน่วยงานของรัฐ หรือภาคเอกชน รวมทั้ง หน่วยงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง และผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย เพื่อร่วมประชุมแนวทางการดำเนินงาน ประสานการปฏิบัติ และติดตามผลการดำเนินงานตามความเหมาะสม
(๘) ประสานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อเร่งยกระดับความร่วมมือกับประเทศที่สาม โดยเฉพาะประเทศที่เรือที่ชักธงไทยเข้าไปทำการจับปลาในน่านน้ำของประเทศนั้น เพื่อให้สอดคล้อง กับพันธกรณีระหว่างประเทศ
(๙) รายงานผลการปฏิบัติให้หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติทราบอย่างต่อเนื่อง จนกว่าสหภาพยุโรปได้ยกเลิกประกาศเตือนประเทศไทยว่าเป็นประเทศที่ไม่มีมาตรการอย่างเพียงพอ ในการป้องกัน ยับยั้ง และขจัดการทำประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม
(๑๐) ปฏิบัติการอื่นตามที่นายกรัฐมนตรีมอบหมาย