คณะกรรมการมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(๑) พิจารณาอนุมัติหรือเสนอความเห็นต่อคณะรัฐมนตรีในการอนุมัติจัดสรรเงินกองทุนตาม โครงการที่หน่วยงานของรัฐหรือองค์กรเกษตรกรเสนอ
(๒) ติดตามผลการดำเนินการตามโครงการที่ได้รับการช่วยเหลือหรือส่งเสริมจากกองทุนและ เร่งรัดการชำระเงินคืนกองทุน
(๓) ออกระเบียบกำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการจัดสรรเงินกองทุนให้เป็นไป ตามวัตถุประสงค์ของกองทุน
(๔) ออกระเบียบเกี่ยวกับการรับจ่ายเงิน การเก็บรักษาเงิน การใช้จ่ายเงินเป็นค่าใช้จ่าย ในการดำเนินงานของกองทุน การจัดหาผลประโยชน์ของกองทุน และการจำหน่ายทรัพย์สินจากบัญชี ของกองทุนเป็นสูญ โดยความเห็นชอบของกระทรวงการคลัง
(๕) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ หรือตามที่ รัฐมนตรีมอบหมาย