หน่วยบริหารจัดการทุนมีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) เสนอแผนปฏิบัติการประจำปีต่อคณะอนุกรรมการประจำหน่วยเพื่อขอความเห็นชอบ ทั้งนี้ โดยให้สอดคล้องกับนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนของสำนักงาน
(๒) จัดให้มี บริหารจัดการ และให้ทุนแก่บุคคล คณะบุคคล หน่วยงานของรัฐ หน่วยงานเอกชน และหน่วยงานภาคประชาสังคมตามภารกิจของหน่วยบริหารจัดการทุน
(๓) ติดตาม ประเมินผล และเร่งรัดการนำผลงานวิจัยและนวัตกรรมไปใช้ประโยชน์ ตามกฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมการใช้ประโยชน์ผลงานวิจัยและนวัตกรรม รวมทั้ งประเมินผลลัพธ์ และผลกระทบที่เกิดขึ้นต่อเศรษฐกิจ สังคม หรือพื้นที่ โดยให้รายงานผลต่อผู้อำนวยการตามระยะเวลา ที่ คณะกรรมการกำหนด และเสนอแนะมาตรการดำเนินการเกี่ ยวกับผลงานวิจัยและนวัตกรรม ที่มิได้นำไปใช้ประโยชน์ทุกปีด้วย เล่ม ๑๔๒ ตอนที่ ๙๒ ก ราชกิจจานุเบกษา ๓๑ ธันวาคม ๒๕๖๘
(๔) วิเคราะห์ สังเคราะห์ผลที่ได้จากการให้ทุนสนับสนุนโครงการต่าง ๆ ในภาพรวมว่า สัมฤทธิ์ผลตามแผนด้านการอุดมศึกษาและแผนด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมหรือไม่ ทั้งนี้ ให้สอดคล้องกับแนวทางที่คณะกรรมการติดตามและประเมินผลการสนับสนุนวิทยาศาสตร์ การวิจัย และนวัตกรรมตามกฎหมายว่าด้วยสภานโยบายการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม แห่งชาติกำหนด รวมทั้งทำข้อเสนอเพื่อประโยชน์ในการกำหนดแผนงานใหม่
(๕) รวบรวมและสังเคราะห์ความรู้ ประสบการณ์ และภูมิปัญญาที่ได้จากการดำเนินงาน เพื่อประโยชน์แก่การดำเนินการตามมาตรา ๘ (๑๑)
(๖) เสนอแนวทางและหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการดำเนินการตามหน้าที่และอำนาจของสำนักงาน หรือตามที่คณะกรรมการกำหนด ต่อผู้อำนวยการ
(๗) ทำความตกลงหรือร่วมลงทุนกับหน่วยงานของรัฐ หน่วยงานเอกชนและหน่วยงาน ภาคประชาสังคมทั้ งในประเทศและต่างประเทศในการดำเนินงานตามที่ ได้รับมอบอำนาจจาก ผู้อำนวยการ
(๘) ประสานงาน ร่วมมือ และสร้างเครือข่ายกับหน่วยงานของรัฐ หน่วยงานเอกชน และหน่วยงานภาคประชาสังคมทั้งในประเทศและต่างประเทศในการดำเนินงานตามภารกิจ
(๙) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่คณะกรรมการหรือผู้อำนวยการมอบหมาย