คณะอนุกรรมการประจำหน่วยมีหน้าที่อำนวยการและกำกับดูแลการดำเนินงาน ของหน่วยบริหารจัดการทุนให้เป็นไปตามมาตรา ๓๖ และให้มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) กำหนดแนวทางการดำเนินงานของหน่วยบริหารจัดการทุนให้สอดคล้องกับนโยบาย ยุทธศาสตร์ และแผนของสำนักงาน
(๒) ให้ความเห็นชอบแผนปฏิบัติการประจำปีและงบประมาณของหน่วยบริหารจัดการทุน
(๓) ออกระเบียบหรือประกาศของหน่วยบริหารจัดการทุนโดยไม่ขัดต่อกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ ประกาศ ข้อกำหนด นโยบาย หรือมติของคณะกรรมการหรือระเบียบของผู้อำนวยการ เล่ม ๑๔๒ ตอนที่ ๙๒ ก ราชกิจจานุเบกษา ๓๑ ธันวาคม ๒๕๖๘
(๔) ให้ความเห็นชอบในการแต่งตั้งคณะทำงานโดยผู้อำนวยการหน่วยเพื่อพิจารณากลั่นกรอง การให้ทุนหรือเพื่อสนับสนุนงานวิชาการอื่น
(๕) เสนอการประเมินผลการปฏิบัติ งานของผู้ อำนวยการหน่วยต่อผู้ อำนวยการ และคณะกรรมการ
(๖) เสนอความเห็นเกี่ ยวกับการปฏิบัติ หน้าที่ และการถอดถอนผู้ อำนวยการหน่วยต่อ ผู้อำนวยการเพื่อขอความเห็นชอบจากคณะกรรมการ
(๗) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่คณะกรรมการมอบหมาย