นอกจากการพ้นจากตำแหน่งตามวาระ เลขาธิการพ้นจากตำแหน่งเมื่อ
(๑) ตาย
(๒) ลาออก
(๓) ขาดคุณสมบัติหรือมีลักษณะต้องห้ามตามมาตรา ๔๕
(๔) ไม่สามารถทำงานได้เต็มเวลา
(๕) ผู้ตรวจการแผ่นดินมีมติให้พ้นจากตำแหน่ง เนื่องจากมีความประพฤติเสื่อมเสีย หรือมีการกระทำ หรือมีคุณลักษณะไม่เหมาะสมต่อการปฏิบัติหน้าที่เลขาธิการ
(๖) เป็นไปตามเงื่อนไขที่กำหนดไว้ในสัญญาจ้าง